เนื้อพระของพระสมเด็จฯ บางขุนพรหม ส่วนใหญ่เป็น เนื้อสีขาวและขาวอมเหลือง หนึกแกร่ง มีฝ้ากรุฉาบโดยทั่วไป เป็นเนื้อชนิดมีคราบและมีฝ้า อย่างที่เรียกกันทั่ว ๆ ไปว่า “สนิมกรุ หรือคราบกรุ” คราบนี้มีสีขาวหรือค่อนข้างขาวติดแนบแน่นอยู่บนพื้นผิวขององค์พระ ขี้กรุของพระบางองค์มีสีน้ำตาลเข้ม บางองค์คราบกรุบาง บางองค์คราบกรุหนา เมื่อใช้ไปนาน ๆ หรือถูกสัมผัสมากผิวจะเกิดมันละเลื่อมขึ้น
มวลสารของพระสมเด็จฯ

เนื้อหาส่วนใหญ่เป็นปูนขาว เพื่อสร้างพระได้จำนวนมาก (ประมาณวัสดุ) ซึ่งเป็นปูนเปลือกหอย อันเป็นคำยืนยันจากพระธรรมถาวร (ช่วง) ลูกศิษย์ของสมเด็จฯ เนื้อปูนที่ท่านเอามาตำและร่อนจนมีเนื้อนุ่มละเอียด นอกจากนั้นท่านว่ามีส่วนผสมเป็นข้าวสุก เนื้อกล้วย ตัวประสานเป็นน้ำมันตังอิ๊ว เพื่อไม่ให้พระแตกร้าวอีกด้วย นอกจากนั้นเป็นมวลสารที่เป็นวัตถุมงคล (อิทธิวัสดุ) ซึ่งแบ่งเป็น 7 อย่างคือ
1. ผงวิเศษ 5 ประการ คือ ผงปถมัง อิทธิเจ มหาราช พุทธคุณ และตรีนิสิงเห
2. ผงใบลานเผา
3. เกสรดอกไม้
4. ว่าน
5. ทรายเงินทรายทอง
6. เถ้าธูป
7. น้ำมันจันทน์

การปลุกเสก

คาถาปลุกเสก พระสมเด็จฯ ที่สร้างเสร็จแล้ว ท่านจะนำไปใส่ภาชนะไว้บนหอสวดมนต์และปลุกเสกทุกวัน คาถาที่ท่านเจ้าประคุณสมเด็จฯ ใช้ปลุกเสกนอกจากมีบทสวดอื่นแล้ว บทสวดที่มีชื่อมากคือ “พระคาถาชินบัญชร” ซึ่งเป็นพระคาถาเก่ามีมาแต่โบราณ (ประเทศศรีลังกาก็มี) โดยท่านเจ้าประคุณสมเด็จฯ ได้เรียบเรียงขึ้นใหม่ให้มีความกระทัดรัดและเหมาะสมขึ้น ปัจจุบันนิยมสวดกันทั่วไปในประเทศไทย

รายละเอียดการเปิดกรุ พ.ศ.2500 (เปิดกรุอย่างเป็นทางการ)

รายละเอียดการเปิดกรุพระสมเด็จฯ วัดบางขุนพรหม ได้มาจากการสัมภาษณ์ท่านพระครูบริหารคุณวัตร รองเจ้าอาวาสวัดใหม่อมตรส เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ.2507 โดยคุณเทพชู ทับทอง พิมพ์อยู่ในหนังสือ “พระเครื่องและพระบูชาพระกรุเก้าวัด” มีรายละเอียดบางตอนว่า “การเปิดได้กระทำในวันที่ 24 พฤศจิกายน พ.ศ.2500 โดยมี พลเอก ประภาส จารุเสถียร รองนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย เป็นประธานกรรมการเปิดกรุ

มีอธิบดีกรมศาสนา เจ้าคณะจังหวัด เจ้าคณะอำเภอ ตำรวจ ทหาร ร่วมด้วยในพิธีนี้ พอรุ่งขึ้นวันที่ 25 พฤศจิกายน คณะกรรมการก็ได้ทำการนับจำนวนพระที่ขุดได้ ปรากฏว่าได้พระสมเด็จ (ที่สมบูรณ์) ทั้งหมด 2,950 องค์ นอกจากนั้นก็ได้พระสมเด็จตะกั่วถ้ำชา 1 องค์ สำหรับตะกรุดคงเป็นของคนสมัยนั้นนำเอามาบรรจุไว้ด้วย ส่วนพระสมเด็จที่หักชำรุดมีมากมายพระที่ได้ขึ้นมาในครั้งนั้นเรียกว่า “พระกรุใหม่” ส่วนพระสมเด็จฯ ที่ถูกลักลอบนำออกมาก่อนหน้านั้น เรียกกันว่า “พระกรุเก่า” ซึ่งความจริงเป็นพระขึ้นมาจากกรุเดียวกันนั่นเอง เพียงแต่ระยะเวลาออกมาไม่พร้อมกัน